1. 사업명 : 바이러스 감염 오가노이드에서의 공간 전사체 분석
2. 목적 및 필요성
○ 감염병 동물대체시험법 연구모델 구축을 위한 SFTS 바이러스 감염 오가노이드에서의 공간 전사체 변화 확인
3. 사업기간 및 참가자격
○ 사업기간: 계약체결일 ∼ 2025. 12. 15.
○ 연구비: 93,870,000 원 (VAT포함)
○ 계약방법: 제한경쟁공개입찰(협상에 의한 계약)
○ 참가자격:
※「국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정」에 따라 반드시 입찰(개찰)일 전일까지 나라장터에 유전자검사기관[업종코드 5331], 소프트웨어사업 (패키지소프트웨어 개발, 공급사업) [업종코드 1470], 데이터분석제공사업자 [업종코드 6539]으로 입찰참가 등록한 자
※ 중소기업청 고시‘중소기업자간 경쟁제품 직접생산확인기준’에 의거 직접생산증명서(입찰마감일 전일까지 [패키지소프트웨어개발 및 도입서비스 (8111159801)]로 발행된 것으로 유효기간 내에 있어야 함)를 소지한 업체(다만, 중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률 제33조제1항에 의거 중소기업자로 간주되는 특별법인과 동법 시행령 제2조의3 제2호에 해당하는 비영리법인은 입찰참가가 가능함)
※ 정보보호(보안), 개인정보보호시스템 인증 및 직접생산증명서 보유 업체이거 나 관련 업무 협약이 되어 증빙할 수 있는 업체
※ 유전체정보 생산을 위한 실험경험 및 환경 보유
※ NGS 데이터 생산 관련 용역을 수행한 업체 또는 용역을 수행한 업체의 대리점에서 실적증명서 3건 이상 제출
※ 입찰 마감 이후 최저 가격으로 입찰한 자의 순으로 과제 수행계획서를 요구할 수 있음
※ 과업 수행 관련 역량 점검을 위한 참가자격 등 관련 서류는 참가일 이전에 모두 준비되어야 하며, 발주부서에서 확인가능하도록 계획서에 내용을 기술해야 함. 또한, 사업체는 선정 이후 계약 전에 발주부서에 공문으로 증빙서류 제출 및 검토하도록 함
※ 공동수급 및 하도급 불가
4. 사업수행체계
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구분
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담당 업무 및 기능
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발주부서
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• 사업 총괄 기획 운영
- 사업 내용 제시 및 진도 관리
- 분석 시료 제공
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용역수행기관
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• 발주부서에서 전달한 오가노이드(6종류)에서 해리(dissociation) 및 OCT 블록 제작
• OCT 블록샘플을 Section, nuclei isolation, single nuclues RNA Seq 과 10x Genomics Visium HD 3’ 이용 공간정보 전사체 획득
• Visium HD 3’ library 생산
• Illumina NovaSeq X 로 library 시퀀싱 수행 및 결과 보고
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5. 사업 내용
가. 주요 사업 내용
❍ 오가노이드(6종류, 발주부서 제공)에서 OCT block 제작
- 오가노이드 해리 후 FACS 분석을 하고 남은 세포는 cell stock 제작
* 항체는 발주부서와 상의 후 결정
- RNA 추출 및 Quality Control 수행
- RIN(RNA integrity number)값이 최소 7이상을 충족. 공간전사체 서열 생산에 사용하고 남은 샘플은 발주부서에 제출
❍ 샘플 Section 후 single nucleus RNA seq 등을 위한 nuclei 분리 및 10x Genomics Visium HD 3’을 이용하여 6개의 공간정보 전사체 획득
- OCT block 샘플을 50~100 um 두께로 섹션하여 nuclei isolation 수행
- OCT block 샘플을 섹션(10 um 두께)하여 Slide glass 위에 올린 뒤 10x Genomics CytAssist 장비로 샘플 슬라이스의 전사체 정보를 Visium slide로 전달
❍ Visium 슬라이드 캡쳐 mRNA로 공간정보가 포함된 cDNA 생성 및 library 제작
❍ Illumina NovaSeq X 로 제작된 library 시퀀싱
(샘플당 100% coverage 기준, 550,000,000 raw read, 150PE기준 165Gb 데이터 생산, 최소 120Gb 이상 생산)
❍ 생성된 시퀀싱 raw data를 10x Genomics space ranger로 processing 후 공간 전사체 분석 데이터 제공
○ 분석검체(오가노이드 시료)는 발주부서에 방문하여 수령
○ 용역수행기관 담당자는 발주부서의 별도 요청이 없어도 과제진행상황 (접수일, 의뢰인, 검체명, 검사항목 등)을 현행화하여 월 1회 발주부서 담당자에게 통보
○ 검사결과의 판별이 어려울 경우 해당 검체에 대하여 재검사 1회, 재검체 검사 1회 실시 (총 3회) 이내 재검사 실시
○ 잔여 샘플은 계약기간내에 발주부서로 반송
○ 상황에 따라 용역수행기관과 논의하여 Visium 대체방법으로 single cell RNA Seq, single nucleus RNA Seq, ATAC Seq 등으로 대체할 수 있음
6. 사업관리
가. 추진일정
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내용
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(2025) 계약시점기준
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1개월
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2개월
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3개월
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4개월
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○ OCT 블록제작, RNA 추출 및 QC
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○ 샘플 Section & 공간 전사체 정보 확보
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○ 시퀀싱
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○ 데이터 정리 및 결과제출
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나. 자료제출
○ QC 결과 보고서 (전자파일)
○ 시료에 대한 생산된 데이터 (fastq format) 및 통계치 파일 (전자파일)
○ Raw data를 포함한 모든 결과를 이동식 저장 장치에 담아 제출
○ 최종 결과보고서 (전자파일)
○ 잔여 샘플 (슬라이드 등) |